El CENAIM tiene una larga trayectoria de cooperación con varias agencias de cooperación financiadas por el Gobierno de Bélgica.

En 1981, el M.Sc. Edgar Arellano instaló un pequeño laboratorio para larvicultura de camarones penéidos en la ESPOL. Fue en este entonces que se realizó un primer contacto entre la ESPOL y Bélgica a través de la visita a la ESPOL del Dr. Patrick Sorgeloos, Director del Centro Referencial de Artemia (ARC) de la Universidad de Gante. En 1983 el M.Sc. Arellano participó al "3er Curso Internacional de Artemia" que tuvo lugar en el ARC en Gante y dos años después se organizó el primer Curso sobre "Larvicultura del Camarón" en el Laboratorio de Larvas que la ESPOL contruyó en San Pedro de Manglaralto. En 1987 la 18ava reunión de la World Aquaculture Society (WAS) tuvo lugar en Guayaquil. Antes y después de este evento, la ESPOL en colaboración con el ARC organizó 2 cursos internacionales en San Pedro de Manglaralto sobre la "Producción y Uso de la Artemia en la Larvicultura del Camarón".

La cooperación se consolidó después de que la ESPOL, en vista de la necesidad de contar con un mayor centro de investigación y con el apoyo del Gobierno de Japón, creó el Centro Nacional de Acuicultura e Investigaciones Marinas (CENAIM) en 1990.

1992 fue testigo del inicio la cooperación bilateral entre la Agencia de General de Cooperación al Desarrollo (AGCD) del Gobierno de Bélgica y la ESPOL, con el proyecto Artemia. Un año después, se inició la cooperación con la Asociación Flamenca de Cooperación al Desarrollo y Asistencia Técnica, VVOB, en el área de Calidad de larvas. Está cooperación se amplió a las áreas de Microbiología (1995) y de Extensión (1997).

En 1995 se dió inicio al proyecto STD3 sobre la microbiología de laboratorios de larvas de camarón. El proyecto fue financiado por la Unión Europea y contó con 4 socios: el CENAIM, la Universidad de Gante - Bélgica -, la Universidad Heriot Watt -Reino Unido - y la Univerdidad de Qingdao - China -. En el mismo año inició el segundo proyecto de cooperación bilateral entre CENAIM y el AGCD denominado proyecto Biomonitoreo.

En 1996 empezó la cooperación con el Consejo Interuniversitario Flamenco, VLIR, en un proyecto sobre la maduración del camarón. El proyecto, que finalizará en el año 2006 cuenta con 2 contrapartes belgas: la Universidad de Lovaina, que coordina el proyecto, y la Universidad de Gante.

Durante el mes de marzo del 98 se suscribieron 2 nuevos convenios con agencias de cooperación belga:

En diciembre de 1998 se dio inicio a un Programa de Maestría en Acuicultura, organizado por la ESPOL y el CENAIM en colaboración con la Universidad de Gante y de Lovaina, y financiado para la cooperación bilateral belga (AGCD).

Un Programa de Cooperación Institucional entre la ESPOL y varias Universidades Flamencas, el cual incluye proyectos de investigación en el CENAIM. El programa es financiado por el VLIR.

Aparte de las actividades de investigación, los proyectos de cooperación beneficiaron igualmente a los investigadores del CENAIM con becas de doctorado y becas de entrenamientos de corta duración en Bélgica