El Centro Nacional de Acuicultura e Investigaciones Marinas CENAIM, abrió sus puertas a la comunidad el 26 de octubre de 1990, por iniciativa de la ESPOL y con el apoyo financiero del Gobierno de Japón. El CENAIM se encuentra localizado en la comuna San Pedro de la parroquia Manglaralto, Provincia de Santa Elena.

El CENAIM fue dirigido en sus inicios por el MSc. Edgar Arellano (fundador y director 1990-1991), seguido por el Dr. Jorge Calderón (1991-2005), Dr. Samuel Stern (2005-2009), Dra. Alba Calle (2009-2011), Dr. Washington Cárdenas (2011-2014) y el Dr. Stanislaus Sonnenholzner (2014 a la actualidad)

La Misión del CENAIM es "Impulsar el desarrollo sustentable de la acuicultura y la biodiversidad marina en el Ecuador, a través de la investigación científica, el desarrollo tecnológico, la capacitación y la difusión, propiciando un estrecho vínculo entre el Estado, el Sector Productivo y la Comunidad Académica"

Actualmente el CENAIM cuenta con una infraestructura funcional conformada por laboratorios de análisis, salas de experimentación, oficinas, sala de computo, biblioteca, áreas de instrucción y recreación, habitaciones para técnicos y estudiantes. Su estación experimental en Palmar, a 10 minutos del CENAIM complementa las investigaciones en campo.

Su trayectoria le ha permitido al CENAIM recibir del Gobierno Nacional del Ecuador, un financiamiento de 11 millones de dólares para la ejecución de 3 proyectos de investigación y un proyecto de mejoramiento de su infraestructura física y tecnológica, a través de la Secretaria Nacional de Educación, Ciencia Tecnología (SENESCYT).

CENAIM es reconocido como centro de referencia nacional en salud animal y oferta servicios varios a la industria, comercializa camarón cultivado en su estación experimental localizado en Palmar.